Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsmedizin, Dr. Klein, Dr. Rost und Kollegen

Exom-Sequenzierung

Dipl.-Bioinf. Sebastian Eck

Im Vergleich zu Whole Exome Sequencing (WES), bei der alle proteincodierenden Bereiche der ca. 20.000 bekannten Gene angereichert und sequenziert werden, wird bei Clinical Exome Sequencing (CES) ein Subset des Exoms angereichert. Hierbei wurde auf krankheitsassoziierte Gene fokussiert, die in der Human Gene Mutation Database (HGMD) beschrieben sind. Die angereicherte Region umfasst hierbei derzeit 4.813 Gene und damit fast 62.000 Exons (weitere Informationen und vollständige Genliste siehe auf www.illumina.com).

Einsatz von Next Generation Sequencing (NGS) in der Diagnostik

Auf Grund des hohen Durchsatzes der in unserem Haus verfügbaren Technologien besteht die Möglichkeit einer

  • Gen-Panel-Diagnostik, d.h. die gleichzeitige Sequenzierung einer Vielzahl von Genen, die bisher nur stufenweise mit entsprechendem Aufwand untersucht werden konnten,
  • ultratiefen Sequenzierung (Deep Sequencing) einzelner Gene (z.B. mit einer 1.000-fachen Coverage) zum Nachweis eines geringgradigen Mosaiks (5%), welches einen milden Phänotyp verursachen kann, zum Nachweis von klinisch relevanten Minoritäten (somatische Mutationen) im Tumorgewebe,
  • Haplotyp-Information bei hochvariablen Gen-Loci (z.B. MHC-Locus),
  • Exom-Sequenzierung (Whole Exome [WES] oder Clinical Exome [CES]) bei klinisch und genetisch sehr heterogenen Krankheitsbildern wie z.B. mentale Retardierung.

Diagnostische Panels

Mit Inkrafttreten des überarbeiteten EBM für den Fachbereich Humangenetik (Kapitel 11) und Schaffung eines neuen Kapitels für Molekularpathologie (Kapitel 19) wird der Einsatz von NGS-Panels (bis zu einer Größe von 25 kb/ Basisdiagnostik) nun auch in der gesetzlichen Krankenversicherung bei den meisten Indikationen ermöglicht. Die Anforderung erfolgt wie bisher über den Überweisungsschein Muster 10. Größere Panels (erweiterte Diagnostik) und Exomanalysen sind genehmigungspflichtig, gern unterstützen wir Sie bei der Antragstellung bei der Krankenkasse.

Humangenetische Leistungen belasten das Laborbudget nicht- die Ausnahmekennziffer 32010 ist daher nicht mehr nötig und wurde gestrichen.