Zentrum für Humangenetik und Laboratoriumsmedizin, Dr. Klein, Dr. Rost und Kollegen

Qualitätsmerkmale für NGS entsprechend EuroGenTest-Leitlinie

Guidelines für den Einsatz von NGS in der Diagnostik

Durch die Einführung von neuen Sequenziertechnologien werden auch neue Herausforderungen an bestehende Prozesse wie die Validierung von genetischen Untersuchungen gestellt. Bisherige Guidelines für die Test-Validierung (wie zum Beispiel Mattocks et al, 2010) können nicht ohne Anpassungen übertragen werden. Es ist notwendig, Qualitätskriterien und Standards für diese Technologien neu zu definieren (Guidelines for diagnostic next generation sequencing, Matthijs et al, 2015, Eur J Hum Genet, accepted, www.eurogentest.org).

Je nach angelegten Qualitätskriterien lassen sich NGS-basierte Tests in drei Gruppen einteilen:

Typ A Test

Diese Art von Test bietet die vollständigste Analyse die mit dem derzeitigen Stand der Technik durchführbar ist. Das bedeutet, dass alle Zielregionen entweder ausreichend mittels NGS-Reads abgedeckt sind (Coverage ? 20x). Ist eine Zielregion nicht ausreichend abgedeckt, werden alle Lücken mittels Sanger-Sequenzierung geschlossen.  Bei einem Typ A Test werden alle Gene des Panels vollständig abgedeckt.

Typ B Test

Bei sehr großen MGPS-Analysen (> 50 Gene) ist es oft nicht mehr möglich, für alle Gene eine lückenlose Abdeckung zu garantieren. Deswegen werden hier nur die jeweiligen Core-Gene vollständig abgedeckt. Nur für diese Gene werden eventuelle Lücken mittels Sanger-Sequenzierung geschlossen, Lücken in Nicht- Core-Genen bleiben bestehen. Es handelt sich hierbei um Tests, die dafür bestimmt sind, Verdachtsdiagnosen zu bestätigen, nicht jedoch um Diagnosen ausschließen zu können.

Typ C Test

Typ C Tests verwenden ausschließlich NGS-Sequenzierdaten, eventuelle Lücken werden nicht mit Sanger- Sequenzierung geschlossen. Ein Beispiel hierfür wäre die Whole-Exome Sequenzierung bei Entwicklungs- verzögerungen, bei der hunderte von potenziell ursächlichen Genen bekannt sind. Aufgrund der Heterogenität dieser Erkrankungsgruppe ist es kaum möglich, Core-Gene zu definieren.

Die Einteilung in Typ A, B und C Tests bezieht sich ausschließlich auf Sequenziertechnologien. Je nach Er- krankung und Indikationsgruppe kann es nötig sein, einzelne oder mehrere Gene zusätzlich auf Mutationen, die mit Sequenziertechnologien nicht erkannt werden können, zu untersuchen. Hier müssen andere Ana lyseverfahren wie MLPA oder Blotting-Analysen eingesetzt werden.